Giai đoạn đầu lịch sử

Các học giả người Ấn Độ đã viết về quần đảo của người Indonesia và các vương quốc Hindu của người Dwipa Java khoảng 200 năm TCN. Bằng chứng về sự hiện diện của nó còn sót lại đề cập đến 2 vương quốc đạo Hindu vào thế kỷ thứ 5 là Liên minh Tarumanagara kiểm soát phía Tây Java và vương quốc Kutai tại vùng ven sông Mahakam, Borneo. Vào năm 425 đạo Phật đã được du nhập vào vùng này.

Khi châu Âu tiến tới thời kỳ phục hưng, quần đảo của người Indonesia đã trải qua hàng ngàn năm văn minh với sự thống trị của 2 vương quốc lớn là Srivijaya tại Sumatra, và Majapahit tại Java. Cả hai vương quốc lớn này đều có rất nhiều các quốc gia chư hầu nhỏ xung quanh, liên hệ với nhau qua buôn bán thương mại.

Các vương quốc đạo Hindu và đạo Phật

Vào khoảng thế kỷ thứ 4 đến thế kỷ thứ 7, tại vùng Tây Java, các vương quốc theo đạo Hindu và đạo Phật là vương quốc Tarumanagara và vương quốc người Sunda đến tận thế kỷ 16.

Từ thế kỷ thứ 7 đến thế kỷ 14, vương quốc đạo Phật Sriwijaya tại Sumatra phát triển nhanh chóng. Nhà thám hiểm Nghĩa Tịnh người Trung Quốc đã viếng thăm thủ đô của Palembang khoảng năm 670. Vào giai đoạn hưng thịnh, Srivijaya kiểm soát vùng lãnh thổ rộng lớn gồm Java, bán đảo Malay.

Thế kỷ 14 chứng kiến sự nổi lên của vương quốc Hindu tại Đông Java. Patih Majapahit từ 1331 đến 1364. Vua Gajah Mada đã giành được quyền lực trên toàn vùng lãnh thổ mà ngày nay là Indonesia và hầu hết bán đảo Malaysia. Di sản để lại các bộ luật được biên soạn ra đời, và được xem như thiên sử thi Ramayana.

Đế chế Hồi giáo

Đạo Hồi trở thành quốc giáo tại Indonesia vào khoảng thế kỷ 12, nhưng thực tế đạo Hồi đã đến quần đảo này vào thế kỷ thứ 7. Vào khoảng thời gian đó các tuyến đường biển tấp nập, là con đường quốc tế nối nhà Đường (Trung Quốc), Srivijaya (Đông Nam Á), và Umayyads (Tây Á) từ thế kỷ thứ 7.

Theo như nguồn tài liệu còn lại của Trung Quốc, vào giai đoạn cuối 3/4 của thế kỷ thứ 7, 1 thương nhân người Ả Rập trở thành lãnh tụ của những người định cư Ả Rập Đạo Hồi tại bờ biển Sumatra. Đạo Hồi gây ảnh hưởng mạnh đến các thể chế chính trị lúc đó. Điều này có thể thấy rõ khi năm 718, vua Srindravarman của Sriwijaya Jambi đã gửi 1 bức thư cho Khalip Umar bin Abdul Aziz của triều Umayyad Caliphate để yêu cầu gửi 1 người thuyết giáo tới để giải thích những thắc mắc của ông về đạo Hồi. 2 năm sau, vào năm 720, vua Srindravarman đã cải đạo từ Hindu sang đạo Hồi. Sriwijaya Jambi cũng được biết với cái tên Sribuza Islam. Nhưng thật không may sau đó năm 730 Srindravarman bị bắt bởi Sriwijaya Palembang, người theo đạo Phật.